生物信息智能分析平台

海云基因云计算平台系统GeneApps 是一种利用云计算及大数据处理技术组成的生信分析系统，由基因组、外显子组、转录组、环境微生物和表观遗传学等模块组成，具备上百个数据分析功能Task簇，可以提供各种基因分析服务。平台已设计数十条自动化分析流程，充分满足用户标准分析，此外，还可以根据用户的需求个性化的选取添加所需Task，实现完美的定制化分析流程服务。
Geneapps基因云平台依托强大的研发实力、广泛的市场应用和技术理解，以客户需求为导向，为医疗领域新一代云计算数据中心基础架构提供一体化的云计算平台解决方案，帮助用户实现快速、可靠的虚拟化数据中心和云业务应用部署。
1．Geneapps基因云解决方案的组件
Geneapps基因云计算解决方案面向于私有云PaaS+SaaS平台，主要包含四个部分：生物分析云计算系统、大数据存储管理系统，实验室流程管理系统、健康评估管理系统。
①　生物分析云计算系统
现有的企业计算环境通常是x64平台，Geneapps基因云平台可以通过服务器的虚拟化进行计算资源的整合与灵活利用，进行服务器计算资源的整合、动态调整、迁移、分配及监控。在合理分配计算资源的同时，内置了生物分析领域的120多种标准的分析算法及常规的分析流程、物种数据库等工具，同时支持分析算法以及分析流程编排的开发平台。Geneapps基因云的生物分析云计算系统通过自动化的管理平台和手段，帮助用户实现对云硬件资源和业务流程的快速部署与自动化维护和管理。
②　大数据存储管理系统
实现PaaS的一个重要组成部分是云存储，一个云计算的基础设施要服务于很多个不同的业务系统或者应用，每个业务系统或应用都会有不同的存储需求Geneapps基因云平台可以通过存储虚拟化管理，进行存储需求的整合，灵活的容量控制。Geneapps基因云计算解决方案中的存储组件提供了经济实惠的企业功能，并具有全面的功能集，简化了对所有位置的集中管理，是具有各种虚拟服务器、客户端虚拟化、数据库、电子邮件和业务应用程序的环境的理想选择。存储组件中集成了各种出色的应用程序可用性和灾难恢复功能，在任何情况下都可进行自动故障转移/故障恢复，并针对虚拟化环境进行了优化，并为用户和应用程序提供了即时满足需求的连续数据可用性。
③　实验室流程管理系统
Geneapps基因云的实验室管理系统主要为实验室流程管理提供支撑服务，具有样本管理、工单管理、设备管理以及耗材管理，从而实现整个基因测序从采样到分析可以做到自动流程流转、样本、试剂等可以追溯。
④　健康评估管理系统
Geneapps基因云的健康评估管理系统是在生物分析的基础上，利用评估引擎结合知识库对生物分析的结果进行二次分析，同时提供医生、患者档案管理交流沟通以及报告解读工具支撑，从而为患者提供更加精准、丰富的报告。
⑤　基础云计算系统
该系统包括的功能模块有：项目管理、任务管理、数据管理、pipeline管理、pipe管理、docker管理、物种管理、Blast管理。
⑥　项目管理
项目管理是每个项目发起人对新建的课题所需要进行的所有研究过程进行跟踪的一个过程。项目管理还分为全部项目、我参与的项目和我观看的项目，然用户对项目的参与程度一目了然。每个项目包括：项目基本信息、实验、样本、样本数据、样本匹配、相关附件和实验分析。
(1)项目基本信息：主要包括项目名称、项目描述、项目成员的增删改和权限配置。
(2)实验： 项目组的成员可以在每个项目中新建多个实验，实验包括实验名称、数据类型，可增删改。
(3)样本：用于标记每个样本数据，方便后续的数据分析。样本包括样本名、组名，可增删改。
(4)样本数据：用于保存待分析使用的样本数据，可批量上传、下载、删除。
(5)样本匹配：将上传的样本数据与设置好的样本名进行一一对应。
(6)相关附件：用户可将项目相关的文档等上传到相关附件中，供项目成员查看和下载。
(7)实验分析：一个项目下可以创建多个实验分析，每个实验分析都可由多个成员共同完成。每个分析在创建的时候必须选定一种物种类型和所需要使用的数据库类型。实验分析是可以反复使用的，用户可任意的拖拽pipe进入画布，然后将pipe进行连线、参数配置和运行。每个pipe会显示运行进度和状态。用户只要配置好后可一键运行，最后直接查看运行结果即可。实验分析包括后续要介绍的pipe和pipeline。
⑦　任务管理
任务管理主要是对所有实验分析的汇总，每个用户创建的实验均在任务管理模块，可通过用户名、分析名称等字段进行查找。每个实验分析的详情都可查看到该分析的结果数据、进程监控和结果报告，提供数据和报告的下载和删除。任务管理同项目管理的分类，也分为全部任务、我参与的任务和我观看的任务。
⑧　数据管理
数据管理主要指基因数据和分析模板的云存储，分为我的数据和我的pipeline两类。海云基因技术系统根据基因数据文件的特点专门设计符合大文件传输的协议，解决数据文件传输和保存问题。我的数据方便用户管理自己的样本数据、实验数据和共享公共数据。我的pipeline提供用户定制自己需要的pipeline，可私有可共享，方便用户做实验分析时灵活调用。
⑨　pipeline管理
目前海云提供的公共pipeline有五类：全基因组测序、外显子测序、转录组测序、遗传病pannel定制分析测序、致病性预测。用户可根据系统提供的公共分析流来进行定制化分析，也可以根据自己分析的需求定制适合自己的pipeline。Pipeline的管理包括公共pipeline的发布与私有pipeline公开化审核。
⑩　pipe管理
pipe管理主要指pipe的配置。每个pipe里面包含n条命令，每条命令又包含n个参数。就是这n条命令和参数的构成了一个pipe，每个pipe按照一定的顺序连接起来就构成了一个pipeline。目前海云研发团队研发的pipe数量达120个。
⑪　docker管理
docker是支撑pipe运行的基础，用户可根据自己的需要将研发好的docker上传，然后在pipe配置的时候调用自己上传的docker即可。
每个docker可以被反复使用，可升级版本。
⑫　物种管理
物种管理是用来存储实验所需要用到的全部物种数据的。每个物种包含的信息有：物种编号、物种简称、中文名、俗名、拉丁名、有无mirna、有无rrna。每个物种又包含多个版本，每个版本包含的信息有：版本名、发布年份、染色体序列文件、gffGene文件、gff repeat文件、refSeq NC文件、refseqAIIIsoRNA文件、refseqOneIsoRNA文件。
⑬　用户管理
用户管理功能可以帮助系统管理员对所有需要使用平台的员工进行信息录入、角色权限分配及操作记录查看，包括账号的停用。
⑭　权限管理
不同的员工需要在系统中拥有不同的权限，系统提供权限定制化功能。后台可以根据需要配置各种权限，以满足不同工作需求的员工，也方便对员工的管理。