Wtdbg2(CentOS7.6 鲲鹏)

提供Wtdbg2基于鲲鹏云服务器预装环境,可在鲲鹏云服务器上一键安装Wtdbg2是从头序列装配器,用于由PacBio或OxfordNanoporeTechnologies(ONT)产生的长噪声读取。它组装原始读取而不进行纠错,然后从中间组装输出建立共识。Wtdbg2能够以比CAN

服务商信息:华为云计算技术有限公司
开票主体:华为云计算技术有限公司
支付方式:镜像
商品图片
商品详情
商品亮点
  • 鲲鹏兼容:在鲲鹏云服务器正常运行
  • 保持原生:基于社区开源组件的官方源码编译安装
  • 版本自由:采用稳定的Wtdbg2版本
商品参数
交付方式
镜像
服务监管
如您购买涉及服务监管的商品,您应在购买后进入买家中心提交需求并及时验收
不涉及
开票主体
华为云计算技术有限公司
操作系统
Linux
版本
V1.0
上架日期
2020-04-23
所属类别
开发语言环境
商品说明
Wtdbg2是从头序列装配器,用于由PacBio或Oxford Nanopore Technologies(ONT)产生的长噪声读取。它组装原始读取而不进行纠错,然后从中间组装输出建立共识。Wtdbg2能够以比CANU和 FALCON快几十倍的速度组装人类甚至32Gb Axolotl基因组,同时产生可比的碱基精度的重叠群。

在组装过程中,wtdbg2印章读取为1024bp的段,将相似的段合并为一个顶点,并根据读取时的段邻接关系连接顶点。所得图称为模糊Bruijn图(FBG)。它类似于De Bruijn图,但在折叠k-mers时允许不匹配/缺口,并保持读取路径。FBG的使用将wtdbg2与大多数长时间读取的汇编程序区分开。

Wtdbg2是一个三代测序数据(同时适用于pacbio和nanopore)denovo组装软件,它是一款基于C语言开发的开源软件。相较于其他三代数据组装软件(Canu,smartdenovo,miniasm,FALCON,FALCON-unzip),优点如下:

安装简单(反例FALCON,安装过程非常复杂)
使用简单,可用“run_wtdbg_assembly.sh”脚本生成运行脚本
内存及存储占用少
语言:C/C++

一句话描述:三代基因测序组装软件

开源协议:GPL 3.0
销售对象

全部用户

商品定价

华南-广州

  • 华南-广州
  • 华北-北京四
  • 华东-上海一
服务支持
使用指南
Wtdbg2鲲鹏镜像使用手册.docx 下载
平台支持范围
售后服务时间:工作日 09:00-18:00(北京时间)
服务邮箱:yangfudong@huawei.com
开源声明

点击查看《开源软件声明

商品服务协议

订购此商品即为您同意《商品服务协议